Les micro-organismes naturels non modifiés génétiquement utilisés sont libres d’emploi, répertoriés et classés de longue date par la science et les services de l’état. La directive 2000/54/CE1 et l’EFB (European Federation of Biotechnologies - CR 12894:1997) ont classé en 5 catégories les micro-organismes connus. Les micro-organismes utilisés et autorisés dans les traitements biologiques de dépollution et de protection de l'environnement sont de classe 1.

Cette classe contient les micro-organismes, qui n’ont jamais été décrits comme agent causal de maladies chez l’homme et qui ne constituent pas une menace pour l’environnement (EFB) et ils sont libres d’emploi, sans en référer à l’autorité compétente quant à la protection des travailleurs (directive) article 2.

Ces micro-organismes appartiennent à la même catégorie que ceux utilisés dans l’alimentaire, tels les  lactobacilles (bactéries lactiques), les bactéries et champignons intervenant dans la fermentation du fromage, les bactéries de l’acétification (vinaigre, alcool)…etc.